Bisnis keagenan merupakan awal bisnis Samudera Indonesia dan telah digeluti sejak tahun 1953. Selama lebih dari lima dekade, bisnis keagenan perusahaan tidak hanya mengelola bisnis untuk memenuhi kebutuhan pasar domestik tetapi juga menjadi agen dari perusahaan pelayaran asing terkemuka di Indonesia.

Samudera Agencies memiliki layanan yang luas dan terintegrasi mulai dari pengangkutan darat, depo kontainer, pergudangan, dan feeder baik untuk rute domestik maupun internasional serta layanan di terminal.

Saat ini, Samudera Agencies mewakili beberapa principals yang merupakan perusahaan pelayaran global antara lain Korea Marine Transport Co Ltd, NYK Bulk & Projects Carrier, Rickmers Line, NileDutch, and Hapag-Lloyd AG.  Samudera Agencies didukung oleh kantor-kantor cabang yang terletak di pelabuhan-pelabuhan utama di Indonesia.