Sebagai salah satu elemen penting dalam layanan logistik terintegrasi yang dimiliki Perusahaan, bisnis pergudangan telah dimulai sejak 1970an. Perusahaan juga mendirikan unit bisnis yang memiliki spesialisasi menangani kegiatan pergudangan. Layanan pergudangan yang dimiliki Samudera Indonesia mencakup:
Saat ini Samudera Indonesia memiliki beberapa gudang yang tersebar di berbagai wilayah kota di Indonesia yang siap untuk memenuhi kebutuhan konsolidasi kargo ekspor, dekonsolidasi kargo impor dan pusat distribusi.
Selain itu, Samudera Indonesia juga telah mendirikan perusahaan patungan dengan GAC World untuk meluaskan layanan pusat distribusi. Saat ini, perusahaan patungan tersebut berperan sebagai penyedia jasa logistik pihak ketiga yang mencakup layanan transportasi, pengelolaan rantai pasok, asuransi pergudangan, dan juga layanan lainnya yang memberikan nilai lebih bagi pelanggan. Mayoritas pelanggan berasal dari industri Fast Moving Consumer Goods (FMCG), farmasi, pelumas, fashion, suku cadang otomotif, mainan, dan sebagainya.
Perusahaan patungan ini juga memberikan layanan fasilitas cold chain logistics yang merupakan distribusi rantai pasok untuk barang-barang yang membutuhkan perlakuan penyimpanan di suhu tertentu seperti produk pertanian segar, makanan laut, makanan beku, dan produk-produk farmasi. Sertifikasi ISO 9001:2008, ISO 14001:2004 dan OHSAS 18001: 2007 semakin memberikan jaminan kepada pelanggan atas kualitas layanan yang diberikan.